ダウンロードしたデータを削除できないようにしたい…との事です。
ディスクのクリーンアップは、Cドライブのプロパティウィンドウより、実行することができます。
空き領域を計算する画面が表示された後、
「ディスク クリーンアップ」ウィンドウが表示されます。ここでは「削除するファイル」を選択することができます。ダウンロードしたファイル…という事なので、「ダウンロードされたプログラムファイル」もしくは「ダウンロード」のチェックを外して、OKすれば
確認画面の後、
クリーンアップが実行されますが、チェックを外したものは、削除されません。
また、ダウンロードファイルをUSBなどに退避させておくことができるか?というご質問ですが、問題なくUSBなどに保存しておくことが可能だと思います。プログラムファイルなどをダウンロードした際、インストールする場所をUSBにする…というのは無理があると思いますが、インストールする前の.exeファイルであれば、USBメモリに入れておいて、必要時にインストールするという事は可能です。又、画像やその他のダウンロードファイルも問題なくUSBにバックアップしておくことは可能です。

