メール送信するにはサイズが大きすぎるデータを送りたい時に利用する大容量ファイル転送サービスがあります。その中の一つ「データ便」に関してのご質問です。
複数のファイルが転送されて来た場合、一つずつクリックしてダウンロードし、ダウンロードフォルダーから自分の指定するフォルダーへ移動する…という作業が、ファイルの数が多いと面倒です。一括で最初から指定フォルダーにダウンロードできないだろうか？というご質問です。
最近はこうした大容量ファイル転送サービスを使う事が激減していましたので、お願いしてサンプルファイルを転送していただきました（笑）。
以前に比べると、なんだか画面がシンプルで、ギャラリー表示できるわけでもなく、データ便内部にはそのような便利ツールが用意されている気配はありませんでした。（何か便利技があるようでしたら、御指南ください。）
そこで、まず第一の手は、複数ファイルを別個に送るのでなく、圧縮フォルダーにまとめて一括送信するという方法が考えられるかと思います。圧縮フォルダーでしたら1つだけになりますので。ただ、この方法は送信してもらう相手に頼まなければならない方法なので、勝手に却下しておきます。
次に、一括ダウンロードの方法を探してみましたら、少し前の情報にはなるのですが、便利なブックマークレット（ブックマークなどから起動し、簡単に処理できるプログラム）を作成・提供されているサイトを見つけました。田村義希さんという方が運営されている「2001Y」というサイトです。
勿論「♡いいね」しておきました。ありがとうございます。
このページに行って、
「データ便一括ダウンロード」のボタンを、ブラウザのブックマーク上にドラッグするだけです。説明には「chrome、Safari」のブラウザしか挙げておられませんが、私が平生使っているFirefox でも問題なく作動しましたので、他のブラウザでも大丈夫ではないでしょうか。
使い方もいたって簡単で、データ便のダウンロードページを開いておき、「データ便一括ダウンロード」というボタンをクリックするだけです。
送られて来たファイルの数だけのポップアップウィンドウが表示され（上図は、わざとウィンドウをずらして画面ショットを取りました）、一つずつのウィンドウに「OK」ボタンを押さなければなりませんが、ファイルを1つずつダウンロードしていくよりは手間が省けると思います。
但し、大抵のブラウザでは、不要な広告画面の立ち上げを制御する目的で、ポップアップブロックが働いているかと思いますので、それぞれお使いのブラウザの該当の機能を「許可」する必要があるかもしれません。
Firefoxでは「ポップアップがブロックされました」といったメッセージが表示されるので、その表示個所から「設定」を選んで「このサイトのポップアップを許可する」を選択することができます。
メッセージ表示のタイミングを逸した場合は右上の「≡」から［設定］を選択し、
「プライバシーとセキュリティ」の項目で、
「ポップアップウィンドウをブロックする」の個所の「許可サイト」ボタンから
データ便サイトのアドレスを登録してください。
次の問題は、ダウンロードの際、ダウンロードフォルダーに入るのではなく、自分指定のフォルダーに直接入らないかという事でしたが、こちらは、ブラウザの設定を変更することで可能ではないでしょうか。
Firefoxで話を進めますが、それぞれお使いのブラウザに同様の設定があると思います。「≡」から［設定］に入った後、［一般］の項目を選びます。
「ダウンロード」の個所で保存先が「ダウンロード」に設定されているはずですので、参照ボタンから任意のフォルダーを指定します。もしくは「ファイルごとに保存先を指定する」を選んで、自動的にダウンロードフォルダーに入らず、毎回保存先を尋ねてくるように設定する事ができます。今回のご質問の件で言うと、毎回保存先を指定しなければならないのは面倒だと思いますが、一度設定を変更すると、以後は常にそのフォルダーにダウンロードされることになりますので、そのあたりは手勝手を考えて選んで下さい。
仮にデスクトップ上に「ダウンロード用」と言うフォルダーを作成し、ここにダウンロードされるように変更してみました。
無事に、指定のフォルダーに一括ダウンロードができました。
ただ、おっしゃるようにアプリを終了する必要はありません。一旦［ファイル］［閉じる］で、アプリを起動したまま、該当のファイルのみを閉じたうえで、ファイルを削除してください。